Дело в том, что skype для своей работы может использовать не только свои технические серверы, расположенные в сети интернет, но также использовать в качестве промежуточных точек для соединения пользователей другие компьютеры обычных пользователей, где установлена программа. Это придумано разработчиками в целях распределения нагрузки по всей сети, чтобы она не ложилась целиком только на собственные серверы Skype. То есть в соединении двух пользователей при разговоре собственный сервер скайп может как участвовать (соединение пойдет через него) , так и нет (в этом случае будет использоваться цепочка компьютеров с установленным скайпом между этими 2-мя пользователями). Skype самостоятельно определяет можно ли использовать компьютер пользователя в этом качестве (т.н. super-node или супер-узел).

Вся проблема в том, что программа никак не уведомляет пользователя об этой ситуации и втихую начинает использовать процессор и канал в сеть. Однако не все компьютеры используются по умолчанию, только некоторые, если структура сети в которой они находятся позволяет принимать входящие соединения на порты программы от других пользователей скайп, а также с подходящей по мнению skype скоростью канала и быыстродействием процессора.

Чтобы принудительно запретить использовать свой компьютер в качестве супернода для skype - необходимо либо закрыть файерволом все входящие соединения на порты скайп, либо (что предпочтительней) воспользоваться редактором реестра и создать ветку HKLM\SOFTWARE\Policies\Skype\Phone и в нее добавить параметр DisableSupernode с типом DWORD и значением 1.

Попробуйте - я думаю это именно Ваш случай...